Vojtěch Novotný pracuje od roku 2011 ve společnosti Regionální organizátor Pražské integrované dopravy jako specialista koncepce rozvoje integrovaného dopravního systému veřejné dopravy.

Je členem pracovní skupiny projektu Plán udržitelné mobility Prahy a okolí a vedoucím projektu „Standard přestupních bodů a zastávek povrchové dopravy PID". Věnuje se koncepci a navrhování preferenčních opatření pro veřejnou dopravu, návrhům legislativních úprav na podporu preference veřejné dopravy a spolupracuje na přípravě na Dopravním plánu PID.

Dále se podílí na projektech „Využití signalizačních dat sítě mobilních operátorů pro potřeby dopravního plánování" a „Manuál tvorby veřejných prostranství hlavního města Prahy".