Vojtěch Novotný pracuje od roku 2011 ve společnosti Regionální organizátor Pražské integrované dopravy. Od roku 2017 zastává funkci vedoucího oddělení koncepce, projektů a projektového řízení.

Byl členem pracovní skupiny projektu Plán udržitelné mobility Prahy a okolí a vedoucím projektu „Standard přestupních bodů a zastávek povrchové dopravy PID". Věnuje se koncepci a navrhování preferenčních opatření pro veřejnou dopravu, návrhům legislativních úprav na podporu preference veřejné dopravy a spolupracuje na přípravě na Dopravním plánu PID.

Dále se podílí na projektech a výzkumných projektech v oblasti veřejné dopravy, v minulosti například na projektu „Využití signalizačních dat sítě mobilních operátorů pro potřeby dopravního plánování" a „Manuál tvorby veřejných prostranství hlavního města Prahy".